Muudatused on kehtestatud "Tulumaksuseaduse, sotsiaalmaksuseaduse, hasartmängumaksu seaduse ja krediidiasutuste seaduse muutmise seadusega" (RT I 2006, 28, 208).
Euroopa äriühing (SE, EL Nõukogu määrus nr 2157/2001 SE põhikirja kohta) ja Euroopa ühistu (SCE, EL Nõukogu määrus nr 1435/2003 SCE põhikirja kohta), kelle asukoht on registreeritud Eestis, loetakse Eesti residendiks (tulumaksuseadus § 6 lg 2). Seega, kuigi SE või SCE ei ole asutatud Eesti seaduste alusel, kuid kui nad on kantud Eesti registrisse, siis maksustamisel loetakse neid residendiks.
Välislepingu sätted on ülimuslikud, mistõttu jäetakse ära sõnad "Riigikogu poolt ratifitseeritud" tulumaksuseaduse (edaspidi TuMS) TuMS § 6 lg 5, § 43 lg 2. Välisleping on seaduse suhtes ülimuslik nii mitteresidendile kui ka residendile, millest tulenevalt jääb TuMS § 6 lg-st 5 välja sõna "mitteresidendi".
Madala maksumääraga territooriumi mõiste on muutunud. Arvestades viimaste aastate maksumäärade langust maailma riikides loetakse nüüd madalaks maksumäära 1/3 Eesti tulumaksumäärast (madal on 2007 alla 7,3%) senise 2/3 asemel (TuMS § 10 lg 1).
Seotud isikute (TuMS § 8) vaheliste tehingute hinnad (edaspidi siirdehinnad) peavad vastama turutingimustele, ehk sarnastel tingimustel sarnastes tehingutes sõltumatute isikute vahel toimuvate tehingute hinnale. Alates 01.01.2007 kohaldatakse siirdehindade turuväärtuse määramise sätteid ka tehingutele residendist juriidilise isikuga (TuMS § 14 lg 7 FIE, TuMS § 50 lg 4 juriidline isik).
Siirdehinna turuhinna määramisega seonduvaid TuMS § 50 lõiked 4-8 kohaldatakse ka mitteresidendist juriidilise isiku ja tema Eestis asuva püsiva tegevuskoha arvel tehtud tehingutele (TuMS § 53 lg 46 ).
TuMS § 29 lg 4 p 3 tunnistatakse kehtetuks, mistõttu selles punktis nimetatud mitteresidendi kasu Eestis asuva vallasvara võõrandamisest ei ole enam maksustatav. Oluliselt sisuliselt midagi ei muutu, sest TuMS § 31 lg 1 p 4 alusel oli isiklikus tarbimises oleva vallasasja võõrandamine maksuvaba.
Muudetakse osaluste võõrandamise kasu maksustamist (TuMS § 29 lg 4 p 5). Kui seni kuulus kasu vara võõrandamiselt maksustamisele juhul, kui võõrandati vähemalt 10%-list osalust äriühingus, siis alates 01.01.2007 ei ole oluline, kui suurt osalust müüakse, vaid maksustatakse osaluse võõrandamine juhul, kui võõrandaja kogu osalus äriühingus, lepingulises investeerimisfondis või muus varakogumis oli võõrandamise ajal vähemalt 10%. Eelnimetatud osaluse võõrandamine on aga maksustatav ainult juhul, kui äriühingu, lepingulise investeerimisfondi või muu varakogumi varast võõrandamise ajal või mõnel perioodil võõrandamisele eelnenud kahe aasta jooksul moodustasid otse või kaudselt üle 50% Eestis asuvad kinnisasjad või ehitised kui vallasasjad. Kuigi varemgi sõltus maksustamine kinnisvara või ehitiste kui vallasasjade osakaalust, siis seni kontrolliti, kas eelneva majandusaasta viimase päeva seisuga koostatud bilansi alusel moodustasid kinnisasjad või ehitised kui vallasasjad üle 75%.
Mitteresidendi maksustatav tulu laienes kasu võrra, mida saadakse juhul, kui Eesti residendist juriidiline isik kustutatakse äriregistrist ilma likvideerimiseta ja ta lõpetab majandustegevuse Eestis. Maksustatav kasu saadakse mitteresidendile kuulunud äriühingu osaluse turuhinnast osaluse soetamismaksumuse mahaarvamisel (TuMS § 29 lg 5¹). Maksustamine lükkub edasi vaid olukorras, kus Eestisse jääb alles äriühingu püsiv tegevuskoht. Kasu on vaja deklareerida äriühingu residentsuse muutumisele järgneva kalendriaasta 31.märtsiks (TuMS § 44 lg 4).
Täpsustatakse ja muudetakse mitteresidendile makstavate litsentsi-, rendi- ja üüritasude maksustamist. TuMS § 29 lg 6 p-s 2 asendatakse "vallasasi" sõnaga "vara". Sellega laieneb mitteresidendi maksukohustus Eestis, sest lisanduvad Eesti registrisse kantavate varaliselt hinnatavate õiguste (näiteks väärtpaber, hoonestusõigus, kasutusvaldus) üüri- ja renditasud.
Litsentsi-, rendi- ja üüritasude maksustamine muutub oluliselt. Mitteresidendile makstud litsentsi-, rendi- ja üüritasu (mõiste TuMS § 16) maksustatakse Eestis juhul, kui maksja on Eesti resident, mitteresident oma Eestis asuva püsiva tegevuskoha kaudu või Eesti riik või kohalik omavalitsusüksus (TuMS § 29 lg 6 p 4). Seni oli maksustamisel oluline, kes on vastava vara kasutaja või kas vara kasutati Eestis. Muudatuse tõttu tühistatakse TuMS § 29 lg 6 p-d 3 ja 5. Endiselt maksustatakse olenemata maksjast tasu, mida saadakse Eestis asuva kinnisasja või Eesti registritesse kantava vara rentimisest või üürimisest või piiratud asjaõigusega koormamisest.
TuMS § 31 lg 4 (litsentsitasu maksuvabastus 2 aastat seotud olnu EL liikmesriigi äriühingutele ja püsivatele tegevuskohtadele) kohaldub ka Ðveitsi residendist äriühingutele.
Mitteresidendist juriidilise isiku poolt saadud dividend maksustatakse Eestis ainult juhul, kui saaja osalus maksjas dividendi väljakuulutamise või väljamaksmise ajal oli vähem kui 15% (seni 20%, muudatus seoses EL ema-tütardirektiiviga). Kui on tegemist madala maksumääraga territooriumil asuva juriidilise isikuga, ei ole osaluse suurus oluline, Eestis residendilt saadud dividend on saajale maksustatav tulu (TuMS § 29 lg 8).
TuMS § 31 lg 1 p 6 tunnistatakse kehtetuks, mistõttu maksuvabastused pensioni, stipendiumi, preemia, toetuse, abiraha, loteriivõidu, vanemahüvitise ja kindlustushüvitise kohta alates 01.01.2007 residendiga samadel tingimustel (ka TuMS § 29 lg 9 muudatus). Varem ei maksustatud mitteresidendi tuluna Eesti residendilt saadud elatist (TuMS § 19 lg 1). Mitteresidendile makstud elatis on nüüd maksustatav tulu TuMS § 29 lg 9, mida maksja võib maha arvata, ka juhul, kui välisleping ei luba mitteresidendi elatist Eestis maksustada.
TuMS § 15 lg 4 p-des 9 - 11 märgitud tulu (ühinemine, jagunemine, ümberkujundamine, mitterahaline sissemakse, investeerimisfondi osakute vahetamine) ei maksustata ka mitteresidendist saaja puhul (TuMS § 31 lg 1 p 6).
Muudetakse mitteresidendi poolt esitatavate deklaratsioonide ja tulumaksu tasumisega seotud tähtaegu. Kui mitteresident on võõrandanud kinnisasja, esitab ta deklaratsiooni vara võõrandamisest saadud kasu kohta vormil V1 kuu aega pärast kasu saamist. Seni tuli deklaratsioon kinnisasja või ehitise või korteri kui vallasasja võõrandamise puhul esitada kuu aega pärast tehingu toimumist (TuMS § 44 lg 4). Tulumaks tasutakse kolme kuu jooksul pärast tuludeklaratsiooni esitamise tähtaega, alates 01.01.2007 ka kinnisasja võõrandamise korral. Vara eest ositi tasumisel tasutakse tulumaks kolme kuu jooksul pärast maksustatava kasu saamist (TuMS § 46 lg 5).
Laiendatakse maksuvabastust TuMS § 53 lg-s 4 sätestatud maksust väljamaksetele, mida mitteresident teeb Eestis registreeritud püsiva tegevuskoha kaudu või püsiva tegevuskoha arvel saadud dividendist TuMS § 53 lg 4¹ tingimuste muutmisega. Maksuvabastuseks vajaliku osaluse määr dividendi saajal dividendi maksjas vähenes seniselt 20%-lt 15%-ni. Kui dividend saadi lepinguriigi või Ðveitsi residendist ja tulumaksukohustuslasest äriühingult, on see väljamakse maksuvabastuseks piisav. Kui dividend saadi mõne teise välisriigi äriühingult, siis on maksuvabastuseks piisav, kui saadud dividendilt on tulumaks kinni peetud või selle aluseks olnud kasumiosa tulumaksuga maksustatud. Arvesse läheb vaid seaduse või välislepingu alusel kohustuslik tulumaks (TuMS § 53 lg 4²). Kuni 2007 eeldati, et maksuvabastuse saamiseks on saadud dividendilt tulumaks reaalselt tasutud. Kui dividend on saadud madala maksumääraga territooriumil asuvalt juriidiliselt isikult, nimetatud maksuvabastust kohalda ei saa.
Täpsustatakse maksustatava tulu arvutamist väljamaksetelt mitteresidendi Eestis registreeritud püsivast tegevuskohast olukorras, kus püsiv tegevuskoht on tekkinud Eesti residendist äriühingu kustutamisel äriregistrist ilma likvideerimiseta ning majandustegevust jätkatakse Eestis püsiva tegevuskoha kaudu (TuMS § 53 lg 4³ ja 45 ).
Kui mitteresidendi Eestis registreeritud püsiva tegevuskoha koosseisu kuuluv ettevõte antakse üle teisele äriühingule mitterahalise sissemaksena või ühinemise, jagunemise või ümberkujundamise käigus, kui selle ettevõtte kaudu jätkatakse majandustegevust Eestis, ei toimu ettevõtte ülekandmise hetkel maksustamist TuMS § 53 lg-s 4 sätestatud tulumaksuga (TuMS § 53 lg 44, EL ühinemisdirektiivist tulenev muudatus).
Muutus info edastamise vorm riiklikele registripidajatele, kellel on kohustus teavitada maksuhaldurit mitteresidendiga toimunud tehingutest (TuMS § 57, vorm INF 15). Samuti muutus info edastamise vorm residendist äriühingutele, kes teevad väljamakseid muuhulgas ka mitteresidendist osanikele (TuMS § 56, vorm INF 13).
